Kitana #2 a #3

Durante os eventos de Mortal Kombat 3 (onde ela aparece no final de Liu Kang) e Ultimate Mortal Kombat 3 (em que foi adicionada como personagem jogável), Kitana é levada à julgamento por traição e pelo assassinato de Mileena. Após a ressureição de sua mãe e a subsequente invasão de Shao Kahn à Earthrealm, Kitana planejou sua fuga para unir-se novamente à seus amigos. Seu único objetivo era encontrar Sindel e remover o mal de sua alma. Jade e Reptile são mandados por Kahn para capturá-la, mas ela convence Jade à ajudá-la em sua missão. Elas se livram de Reptile e conseguem livrar a alma de Sindel do controle de Kahn, que tem seus exércitos derrotados. Liu Kang derrota Shao Kahn e, depois disso, ela resolve voltar com sua mãe para Edenia. Antes de partir de Earthrealm, Kitana agradece Liu Kang pela enorme ajuda que este lhe deu.

Shinnok e Quan Chi, vindos de Netherealm, invadem Edenia e aprisionam Kitana e Sindel, dentre muitos outros membros do reino. Conseguindo escapar com a ajuda de Mileena, que fora ressucitada por Shinnok e desejava uma revanche, Kitana derrota novamente sua "irmã" e a prende em uma cela localizada abaixo da sala do trono de Edenia. Os exércitos de Shinnok são derrotados por Raiden e seus aliados, libertando Edenia novamente. Depois desses eventos, Kitana propõe à Liu Kang que governe Edenia ao seu lado, como Rei e Rainha. Ele relutantemente recusa a proposta, alegando que seu lugar é o de campeão em Earthrealm.

Após a derrota de Shinnok, Kitana descobre que Shao Kahn sobreviveu à luta em Earthrealm e estava recompondo forças em Outworld. Decorrente à isso ela forma uma aliança com os Shokans, uma poderosa raça que caiu em desgraça por causa do enfraquecido imperador. Liderando exércitos ao lado de Goro, Kitana marchou contra os exércitos de Outworld pouco tempo depois, tendo sucesso no início. Depois, quando Goro é mortalmente ferido por Noob Saibot, os shokans abandonam a batalha, enfraquecendo o poder de Kitana.

Em Mortal Kombat: Deadly Alliance, Kitana descobre que Shao Kahn foi morto por assassinos desconhecidos. Pensando que finalmente havia terminado sua luta, começou sua jornada de volta à Edenia, acreditando que poderia viver em paz. É quando encontra seu velho aliado Kung Lao, que a informa sobre a Aliança Mortal entre Quan Chi e Shang Tsung, seus planos de reviver o exército de mortos-vivos do lendário rei-dragão Onaga e a responsabilidade pelas mortes de Shao Kahn e Liu Kang.

Arrasada ao saber da morte de Liu Kang, Kitana resolve se aliar aos seus velhos companheiros de Earthrealm e buscar vingança da Aliança Mortal, porém acaba sendo derrotada juntamente com seus amigos. Porém, a vitória foi curta. Pouco tempo depois, Onaga adentrou o palácio de Shang Tsung e Raiden viu como única saída explodir todo o local, o que culminou nas mortes de Quan Chi e Shang Tsung. Mas a explosão não causou nenhum dano a Onaga, que ressucitou Kitana e seus amigos, fazendo deles seus seguidores fiéis. Devido ao controle de Onaga sobre si, ela acaba invadindo o próprio reino, Edenia.