Quando o Sub-Zero mais velho roubou do Templo dos Elementos o amuleto de Shinnok, milhares de anos depois, Raiden apareceu para o Lin Kuei e o ordenou para trazê-lo de volta do Netherealm, para que Shinnok não o usasse para se libertar. Raiden não poderia entrar em Netherealm, pois perderia seus poderes se o fizesse.
A missão de Sub-Zero foi um sucesso, e Shinnok não era mais uma ameaça iminente. Mas foi revelado que o feiticeiro Quan Chi, que havia roubado o amuleto das mãos de Sub-Zero, dera a Shinnok um amuleto falso, traindo o deus ancião. Raiden não percebeu isso, e Quan Chi teve a posse do verdadeiro amuleto, pelo menos até sua morte nas mãos do deus do trovão.
Durante a ameaça de Shinnok ao reino da Terra (Mortal Kombat 4), Raiden reúne os guerreiros de nosso mundo mais uma vez para protegê-lo. Após a derrota de Shinnok, Raiden ocupa seu lugar como deus ancião, até renunciar para poder enfrentar a Aliança Mortal (formada pelos feiticeiros Quan Chi e Shang Tsung).
No final dessa perigosa aliança entre Quan Chi e Shang Tsung, os campeões de Raiden sucumbiram às forças dos dois feiticeiros e, conseqüentemente, Raiden teve de desafiar os desejos dos deuses anciões e enfrentar sozinho a Aliança Mortal. Apesar de ter lutado bem, Raiden não pôde com a força opressora de seus inimigos e foi derrotado. Quase imediatamente, a Aliança Mortal é desfeita e Quan Chi e Shang Tsung lutam entre si pelo controle supremo dos reinos. Quan Chi derrotou Shang Tsung e pensou ter completado sua busca, mas estava determinado que só poderia haver um governante do Outworld. E aquele governante voltou: Onaga, o Rei Dragão. Enquanto Quan Chi tentava ferir Onaga, Raiden e Shang Tsung se levantaram e os três formaram uma nova aliança, mas ainda assim não causariam grandes danos a Onaga. Ciente disso, Raiden recorreu à única solução que havia. Ele liberou sua essência divina num poderoso ataque que causou uma poderosa explosão. Raiden havia se extinguido e levou os feiticeiros Quan Chi e Shang Tsung consigo em morte aparente, mas Onaga não sofreu um arranhão.
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